2月3日出台的《长沙市防治人间禽流感应急预案（试行）》还对各职能部门进行了具体分工。
　　畜牧部门：制定禽流感防治方案，统一组织开展禽流感疫情监测、免疫、捕杀、消毒和病害产品的无害化处理；与交通、铁路、民航、公安等部门共同做好动物防疫监督检查站的设立，对划定区域内禽类运输进行检查或封锁；对密切接触人员进行登记并转交卫生部门；积极开展禽流感防治培训、执法监督管理等工作。
　　卫生部门：制定人间禽流感防治应急预案及工作方案；疫情监测及报告；对人间禽流感现场的处置，对密切接触禽流感动物的人员进行追踪调查；指导督促卫生消毒及工作人员的卫生防护；对病人和疑似病人采取就地隔离、观察、治疗措施；开展人间禽流感防治知识培训和宣传、执法监督管理等工作。
　　工商部门：负责关闭疫区、非疫区禽类及其产品市场；对违法经营畜禽及其产品的行为进行严厉打击。
　　交通、铁路、民航部门：负责设立动物防疫监督检查站，对禽类运输进行检查或封锁。
　　商贸、林业、园林部门：负责与动物防疫部门共同做好禽类的防疫工作。
　　教育部门：负责对相关院校、相关专业的学生进行禽流感和人间禽流感防治知识宣传培训。
　　农业部门：负责制定农村防治工作预案，协助落实农村地区防治措施。
　　经贸、质监、药监、物价、工商部门：保证防治物资供应及时充足；加强防治物资的质量监督，打击制假、哄抬物价等行为； 　　预案还对财政、公安、出入境检验检疫等部门进行了分工。